ثم يقسم المؤلف الكتاب إلى سبعة أبواب ، في كل باب سبعة فصول ، أي أن مجموع الفصول تسعة وأربعون فصلا . وكل منها يعتبر مقدمة وتمهيدا لما يليه ، في بناء متماسك قوى . وقد بدأ المؤلف بالباب الأول « آلة النظر المسماة بالمنطق » وهو بمثابة المنهج الذي يرتكز عليه الفكر الفلسفي لديه . وورد في الفصل الأول من هذا الكتاب الحديث عن ماهية المنطق ومنفعته . وفي الفصل الثاني تحدث عن الطريقة التي تكتسب بها التصورات . وفي الثالث تناول القضايا وأقسامها . وفي الرابع تحدث عن لوازم كل قضية منطقية . وفي الخامس بحث موضوع القياس البسيط وفي السادس تكلم على لواحق الأقيسة وتوابعها . وفي السابع تكلم على الصنائع الخمس ، وهي البرهان والجدل والخطابة والشعر والمغالطة . وأنتقل المؤلف في الباب الثاني إلى ذكر بعض المصطلحات العامة في الفلسفة ، لتكون بمثابة التعريف لما سوف يستخدمه من ألفاظ بعد . ومن هنا سمى الباب الثاني « الأمور العامة للمفهومات كلها » . وتناول في الفصل الأول الحديث عن الوجود والعدم وأحكامها وأقسامها ، وفي الفصل الثاني تحدث عن الماهية وشخصها وما تنقسم اليه . وفي الثالث تناول الوحدة ولكثرة ولواحقها . وفي الرابع تكلم على الوجوب والامكان والامتناع ومتعلقات كل منها . وفي الخامس تحدث عن مفهوم كل من القدم والحدوث . وفي السادس بحث مفهوم العلة والمعلول . وفي السابع ختم الحديث بذكر الفرق بين معنى الجوهر ومعنى العرض . وفي الباب الثالث ابتدأ بشرح لبعض ما أجمله في الباب السابق ، حيث دار الحديث حول « أقسام الاعراض الوجودية والاعتبارية » . وقد بحث في الفصل الأول مسألة المقادير والاعداد التي يعمها جميعها كونها كمية ضارة . وتناول في الفصل الثاني الزمان باعتباره كمية غير قارة . وفي الثالث تحدث عما لا يعتبر من الكيفيات أنه كمال جوهر . وفي الرابع ذكر الكيفيات المحسوسة . وفي الخامس تحدث فيما ليس من شأنه أن يحس بالحس الظاهر من أنواع الكيف . وفي السادس يبحث موضوع الإضافة . وفي السابع يدرس حقيقة الحركة .